Menurut sejarah lahirnya Paniradya Kaistimewan merupakan lembaga baru yang dibentuk berdasarkan Perdais Nomor 1 Tahun 2018 tentang Kelembagaan Pemerintah Daerah Daerah Istimewa Yogyakarta. Berdasarkan ketentuan Pasal 7 ayat (1) Perdais Nomor 1 Tahun 2018, Paniradya Kaistimewan mempunyai tugas membantu Gubernur dalam penyusunan kebijakan urusan keistimewaan dan pengoordinasian administratif urusan keistimewaan.

2022 menjadi tahun ke-10 Undang-Undang Keistimewaan Daerah Istimewa Yogyakarta sah diberlakukan, yaitu sejak UU Nomor 13 Tahun 2012 tentang Keistimewaan DIY ini disahkan oleh DPR RI, tepat pada tanggal 31 Agustus tahun 2012 silam. Berbicara perihal UU Keistimewaan untuk Daerah Istimewa Yogyakarta ini, tentunya ada banyak pertanyaan yang ditujukan tentang penempatan posisi ‘Istimewa’ bagi Yogyakarta. Guna menjawab banyak peertanyaan tersebut, tentunya juga tak sedikit jawaban yang saat ini dapat kita temui dengan mudah, baik itu perihal catatan sejarah pun jurnal yang memuat ikhwal sederet peristiwa sejarah nasional negeri ini, di mana kemudian, bahasan ‘sejarah’ tersebut menjadi semacam ‘koentji’ guna menguak semuanya.

Tak bisa dipungkiri pula ‘sejarah’ juga mencatat tentang kurun waktu selepas menerima Piagam 19 Agustus 1945 dari Presiden Soekarno, Sri Sultan Hamengku Buwono IX dan KGPAA Paku Alam VIII memutuskan untuk menanggapi dengan mengeluarkan sekaligus mengumumkan Amanat 5 September 1945. Ialah pernyataan Sri Sultan HB IX dan Paku Alam VIII yang berisi perihal dukungannya terhadap berdirinya Republik Indonesia, dan kemudian dibuktikan dengan adanya amanat yang ditujukan kepada rakyat Jogja. "Amanat 5 September 1945 sendiri memuat isih tentang Kasultanan Ngayogyakarta dan Paku Alaman menjadi bagian dari Republik Indonesia dengan nama Daerah Istimewa Yogyakarta."

Dapat diketahui bahwa sebelum Indonesia ini ada, Kasultanan Ngayogyakarta Hadiningrat dan juga Kadipaten Pakualam justru telah kokoh berdiri sebagai sebuah wilayah dengan warga yang bernaung di dalamnya dan telah terdapat aturan tata pemerintahan yang sah di sana.

Berdasarkan Undang-Undang Nomor 13 Tahun 2012 tentang Keistimewaan Daerah Istimewa Yogyakarta, ada 5 kewenangan Daerah Istimewa Yogyakarta dalam urusan Keistimewaan, yaitu:

• a. Tata cara pengisian jabatan, kedudukan, tugas, wewenang Gubernur dan Wakil Gubernur;
• b. Kelembagaan Pemerintah Daerah DIY;
• c. Kebudayaan;
• d. Pertanahan;
• e. Tata Ruang.

Pengaturan Keistimewaan DIY bertujuan untuk mewujudkan pemerintah yang demokratis, mewujudkan kesejahteraan dan ketentraman masyarakat, mewujudkan tata pemerintahan dan tatanan sosial yang menjamin ke-bhineka tunggal ika dalam kerangka Negara Kesatuan Republik Indonesia, menciptakan pemerintahan yang baik, dan melembagakan peran serta tanggung jawab Kasultanan/Kadipaten dalam menjaga dan mengembangkan budaya Yogyakarta yang merupakan warisan budaya bangsa.

Dengan demikian dapat dikatakan bahwa Kestimewaan Yogyakarta ini tidak serta-merta ada dan baru terselenggara dalam kurun waktu singkat saja, akan tetapi justru Undang-Undang Keistimewaan Yogyakarta No 13 Tahun 2012 ini muncul sebagai salah satu artefak sejarah kepemimpinan yang bahkan jauh sebelum kemerdekaan Republik Indonesia ini terselenggara.

Lebih jelas dapat dikatakan bahwa Paniradya Kaistimewan merupakan lembaga di bawah Gubernur Daerah Istimewa Yogyakarta, yang dibentuk berdasarkan Perdais No. 1 Tahun 2018, yang dipimpin oleh seorang Paniradya Pati, dan memiliki tugas guna membantu Gubernur Daerah Istimewa Yogyakarta dalam penyusunan kebijakan urusan keistimewaan dan pengoordinasian administratif urusan keistimewaan. Pada awal terbentuknya Paniradya Kaistimewan di tahun 2019, dipimpin oleh Drs. Beny Suharsono, M.Si selaku Paniradya Pati. Kepemimpinan Drs. Beny Suharsono, M.Si terhitung mulai tahun 2019 sampai dengan 2020. Pada tahun 2020 sampai dengan saat ini, Paniradya Kaistimewan dipimpin oleh Aris Eko Nugroho, S.P., M.Si selaku Paniradya Pati.