Menurut sejarah lahirnya Paniradya Kaistimewan merupakan lembaga baru yang dibentuk berdasarkan Perdais Nomor 1 Tahun 2018 tentang Kelembagaan Pemerintah Daerah Daerah Istimewa Yogyakarta. Berdasarkan ketentuan Pasal 7 ayat (1) Perdais Nomor 1 Tahun 2018, Paniradya Kaistimewan mempunyai tugas membantu Gubernur dalam penyusunan kebijakan urusan keistimewaan dan pengoordinasian administratif urusan keistimewaan.

Berdasarkan Undang-Undang Nomor 13 Tahun 2012 tentang Keistimewaan Daerah Istimewa Yogyakarta, ada 5 kewenangan Daerah Istimewa Yogyakarta dalam urusan Keistimewaan, yaitu:

1. Tata cara pengisian jabatan, kedudukan, tugas, wewenang Gubernur dan Wakil Gubernur;
2. Kelembagaan Pemerintah Daerah DIY;
3. Kebudayaan;
4. Pertanahan;
5. Tata Ruang.

Pengaturan Keistimewaan DIY bertujuan untuk mewujudkan pemerintah yang demokratis, mewujudkan kesejahteraan dan ketentraman masyarakat, mewujudkan tata pemerintahan dan tatanan sosial yang menjamin ke-bhineka tunggal ika dalam kerangka Negara Kesatuan Republik Indonesia, menciptakan pemerintahan yang baik, dan melembagakan peran serta tanggung jawab Kasultanan/Kadipaten dalam menjaga dan mengembangkan budaya Yogyakarta yang merupakan warisan budaya bangsa.